Сначала компилируем и устанавливаем GD. После этого конфигурируем mapserv по дефолту, если будет ругаться, тогда подправляем пути, а затем собираем дистрибутив. После этого кладем файл mapserv в ваш cgi-bin каталог. Можно пользоваться.
